遇袭身亡
主条目：奥萨马·本·拉登之死
奧巴馬在戰情室聽取追捕賓·拉登的最新情況。
在2011年5月3日時聯邦調查局網站上的10大通緝要犯將賓拉登標注為已死亡。
美国当地时间2011年5月2日凌晨，美国总统奥巴马于白宮宣布，賓·拉登当晚在巴基斯坦首都伊斯兰堡以北150公里的城市阿伯塔巴德於住宅內被击毙。通过对比賓·拉登和他死去的亲姐姐的DNA，証实了他的身份。
賓·拉登生前藏身于在阿伯塔巴德的一座豪宅裏，据悉该宅建于2005年，价值约100万美元，没有电话和網路服务，从外观上看，该建筑的大小，约为该区其他房屋8倍，并配有铁丝网护栏和高墙等保衛设施。有目击者称，该住所距离巴基斯坦陆军军官学校的大门仅100公尺之近。
此次秘密行动由奥巴马授权“一小队美军”执行。在这次行动中，賓·拉登的一个儿子哈立德被打死，同时被捕的包括賓·拉登的2个妻子、6个孩子和4名亲信[1][33]。据美国政府官员披露，美国海军海豹特种部隊第六分隊大約24位官兵，在得到奥巴马总统命令后，分乘4架直升机从巴基斯坦西北部的加齐空军基地出发突袭賓·拉登藏身地，在其住宅外降落，由外部攻坚。美军攻入住宅后，在3楼一个房间找到無武裝的賓·拉登，美軍隨即開火，賓·拉登胸部先中一枪，接着左眼上方中了致命一枪，倒地身亡，部分头骨遭子弹击飞，鮮血混合腦漿四溢。整个过程持续约30分钟，美军没有人员伤亡，但有一架直升机墜毀，官方聲稱可能是因為其住宅圍牆過高使該機降落時之上升氣流不足或是因為該機為增強隱蔽性能而多經改裝致使駕駛困難；後此機於美軍離去的同時被以炸藥炸毀，美軍突襲殺死賓·拉登的隱蔽行動，被美國政府判定為合法。不過，雖然是反恐夥伴之一，但美國政府未經巴基斯坦政府討論即進行秘密斬首行動，引來巴基斯坦政府強烈的不滿。
战斗结束后美军搜查了这栋建筑，带走賓·拉登的電腦硬碟、DVD光碟和其它資料與数据，连同其屍體搭直升机离开现场返回美軍基地，宅内其他人员移交巴基斯坦当局安置。除了賓·拉登外，还有3名成年男子死亡，其中1人是賓·拉登的儿子，另外两人是本·拉登的警卫、还有一名女子丧生，2名在现场的女子受伤。之前有謠傳賓·拉登槍戰時躲在女子身後，以作為人肉盾牌或者擋箭牌之說法，已被証實為假消息。美軍查獲的DVD光碟中，有些是現代色情片，不知是否為賓·拉登本人還是其部下所擁有，因為連同住的3名賓·拉登妻妾也不知情[34]。
奥巴马政府考虑到賓·拉登是一名虔诚的伊斯蘭教徒，在3日内下葬是对伊斯蘭教传统的尊重，但美國捨棄了伊斯蘭習用的土葬而采用海葬，因此賓·拉登被枪杀后的24小时内，其尸体被送往美军卡爾文森號航空母艦，在清洗與唸誦《古兰经》后，投入北阿拉伯海。採用海葬使賓·拉登葬身于汪洋大海，亦是為了防止賓·拉登的坟墓日後变成其他恐怖分子的朝聖或者纪念之圣地[35]。
由於賓·拉登的遺體已消失於阿拉伯海，加上美國政府一直以影像太過吓人為理由，不公佈其死亡的照片與錄影，也造成不少人質疑賓·拉登是否已經死亡[36][37]。原先只有美國總統奥巴馬與國務卿希拉蕊·柯林頓等人可得覽照片，5月12日中央情报局迫于各方压力开始向國会议员展示照片，參议员詹姆士·英霍夫（James Inhofe）表示賓·拉登死狀悽慘恐怖，但仍支持将照片公之于众，以定民心[38]。虽然美国最後仍无公开任何賓·拉登死亡的照片，但根据各方公开的消息，美军方面说在击毙賓·拉登后曾让屋内的人（包括其妻儿、侍衛等）去辨认尸体，而这些人由事后赶来的巴基斯坦方面接管（后来部分人被遣返回原籍，部分人在巴基斯坦服刑）。来自巴基斯坦方面的消息说屋中的这些人承认与賓·拉登的密切关系（与调查资料吻合），并明确表示賓·拉登已死。另外蓋達组织也确认賓·拉登已被美军击毙，并发动了几次针对性的报复行動。
賓·拉登死后，蓋達組織由賓·拉登的副手艾曼·查瓦希里醫師接班，查瓦希里是一名埃及的眼科醫師，根據美國中央情报局的調查，查瓦希里亦是九一一事件的幕後策劃人之一，相較於賓·拉登，查瓦希里的作風更為激進[39]（查瓦西里后于2022年7月被美军击毙）。